二氧化碳培养箱的方式主要包括以下几种：
液体剂：选择对二氧化碳培养箱无腐蚀性的液体剂。但需要注意，液体剂的效果受多种因素影响，如温度、接触时间、pH值、穿透能力和物反应等。
紫外：一般先用蒸馏水清洗干净后，再用培养箱自带的紫外灯照射。但紫外无法直接照射到的部位，微生物就难以被杀灭，而且效果也受到温度、湿度、紫外灯功率等因素的影响。
干热：当CO2培养箱用于污染危险区域时，干热可作为清洁室内的附加手段。干热采用6面直接加热，加热温度高达125°C，高温在培养箱中保持2小时以上，经过8小时的程序（包括2-3小时的预热时间），室内的温度降低并恢复到37°C或上一个程序设定的温度。
湿热：以高温湿热环境使微生物的DNA或者RNA变性，失去活力。这种方式对细菌、、芽孢、支原体能实现有效杀灭，尤其对于箱体内已经出现明显污染的有理想效果。
HEPA过滤器：空气过滤器通过有效地过滤空气中的颗粒物质及微生物，从而潜在的污染风险，为细胞培养提供的无菌环境。

纯铜内表面、管路、搁板辅助：铜的作用归因于铜离子的释放，可使微生物的细胞壁分解，或破坏微生物体内某些重要蛋白质的结构，从而抑制微生物的污染