集菌仪和微生物检验仪（通常指微生物限度检测仪）的主要区别如下：
用途：集菌仪主要用于无菌产品的无菌检测，如用无菌制剂、类及含有抑菌成份的药品、大输液、水、医疗器具、无菌用水等。而微生物限度检测仪用于非无菌产品的微生物限度检测，如纯化水、初始污染菌等。
操作方式：集菌仪通过定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，可直接灌注培养基到滤膜背面，然后直接培养。微生物限度检测仪则采用负压抽滤，将供试品中微生物截留在滤膜上，用取膜器取出滤膜，转移至配置好的固体培养基上，菌面朝上，平贴，盖上盖子形成封闭的培养盒，置于相应的恒温培养箱内培养并计数。
价格：集菌仪相对微生物限度检测仪贵，微生物限度检测仪比较便宜。
结构和设计：集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通常采用全封闭式设计，避免在微生物检测过程中受到外界环境的污染。微生物限度检测仪一般采用不锈钢金属材料制成，配有内置或外置隔膜液泵，可整体和单，单配备的泵也满足了收集有的废液等要求。

综上所述，集菌仪和微生物限度检测仪在用途、操作方式、价格和结构设计上存在明显差异，用户应根据实际检测需求选择合适的仪器